何姓的起源主要有两大支：归姓、姬姓。

第一支源出归姓。相传黄帝时代已有何姓，何人是东夷族归夷的一支，以荷为图腾，并在黄河下游的山东菏泽建立了何国，其中何侯的一支可能随虞舜帝南巡于九嶷山，而留居于今湖南的宁远、道县一带，至今何姓仍为道县的大姓。何人一支融入湘南的瑶族先民中，成为瑶族十二姓之一，同时，一部分瑶民又被同化为汉民。至今湘南多何姓，应与此有关。商朝的青铜器铭文也证实了何姓的存在，何姓氏族是商王朝的异姓亲族。

夏朝时，居于黄河下游南岸的何人，称河伯族，后西迁到河南巩洛一带，与洛人相近。商朝中期，河伯族迁到陕西韩城东北龙门附近，分为三国，其中一族为河宗国。西周中叶，河伯族的一支曾沿溯黄河北迁内蒙古呼和浩特以西至河套一带。周穆王西渡黄河西征时，河宗氏跟随西移进入青海乐都，后又南迁贵德县的暖水河。汉朝甘肃张掖地区的“昭武九姓”中的何国，可能就是迁到青海乐都的河宗氏的后裔。“昭武九姓”中的何国西迁，经新疆南路的婼羌、且末、和阗到达叶尔羌。东汉末，何人通过乌孜别里山口西迁中亚的卡塔库尔干（在今乌兹别克斯坦）建立何国。唐朝时归顺并设立贵霜州，何国正式列入中国版图。何国人以何为姓，归姓何氏至少有4000年的历史。

第二支源系姬姓，分自韩姓。周文王之孙唐叔虞的十一世孙韩万封于韩，即今陕西韩城南，战国时成为诸侯，建立韩国，至韩王安时灭于秦，子孙以韩为氏。韩姓子孙散居于江淮地区，遂依音转韩改为何。何姓世居庐江郡，遂成望族。进入西汉时，何比干成为武帝的廷尉，为姬姓何氏第一位名人。当代各地汉族何姓几乎都认为出自韩姓。姬姓何氏的历史有2200多年。